塩基配列決定法の解説（コラム）

　遺伝子の情報は４種のヌクレオチド（アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、シトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ））がどのような配列で並んでいるかによって決定されます。したがってその配列を知ることは、個々の遺伝子のはたらきを知るうえで重要になってきます。

　現在、一般的なＤＮＡの塩基配列決定法はジデオキシ法といい、これは塩基配列を決定するための反応（シークエンス反応）にジデオキシ化合物を用いることからきています（図３）。

　シークエンス反応に必要な試薬は、配列決定したいＤＮＡ断片（鋳型(いがた)）、ＤＮＡポリメラーゼ（合成酵素）、鋳型の一部と相補的な合成ＤＮＡであるプライマー、ＤＮＡ合成の材料である４種のヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）、４種のジデオキシ化合物（ｄｄＮＴＰ）です。ジデオキシ化合物は、ｄＮＴＰの１０００分の１などの割合で用います。

　ＤＮＡポリメラーゼは、鋳型ＤＮＡと部分的２本鎖構造をつくるプライマーの3’末端から合成を始めますが、ジデオキシ化合物が取り込まれるとそれ以上の反応は止まってしまいます。ジデオキシ化合物は蛍光色素で標識されており、たとえばＡ（アデニン）を含む場合には緑色、Ｃ（シトシン）の場合には青色蛍光色素が結合しています。

　そのため反応を終えると、反応液のなかには鋳型と相補的な１ヌクレオチドずつ長さが異なる合成されたＤＮＡができあがり、それぞれの末端には蛍光色素が存在しています。このＤＮＡの混合物を、ポリアクリルアミドゲルを用いて電気泳動を行うと、短いＤＮＡを先頭にして順番に泳動されます。長さが異なるＤＮＡが順番に検知器の部分を通過すると、レーザー照射によって、どの色素が通過しているかを読み取ります。こうして塩基配列が決定されます。

　塩基配列を決定したい鋳型ＤＮＡは、現在の技術では同じ配列の数百億分子のＤＮＡが必要とされ、ＰＣＲや遺伝子クローニングにより増幅されたＤＮＡを用います。